申报认定省“专精特新”中小企业的流程主要为：符合条件的企业向所属设区市（或平潭综合实验区）工信部门、财政部门申报；设区市工信部门收到申报材料后，根据有关规定进行初审，提出拟推荐名单并会同同级财政部门正式行文推荐上报省工信厅、省财政厅；省工信厅会同省财政厅按规定程序对各设区市推荐上报的企业进行审核，提出拟认定企业名单并进行公示；经公示无异议的，由省工信厅、省财政厅联合公布名单，并授予福建省“专精特新”中小企业称号。